Михаил Мессерер продолжает сотрудничество с Михайловским театром в качестве главного приглашенного балетмейстера. Контракт с ним продлен до декабря 2012 года. По согласованию с художественным руководителем балета Начо Дуато, Михаилу Мессереру поручено, в частности, контролировать качество классических постановок текущего репертуара.
Михаил Мессерер, один из самых востребованных балетных педагогов и умелый хореограф-реставратор, сотрудничает с Михайловским театром с 2008 года, когда его пригласили принять участие в подготовке первых гастролей балетной труппы в Лондоне. С мая 2009 года по декабрь 2011 года работал в театре в качестве главного балетмейстера. Восстановил в своей редакции балеты классического наследия: «Лебединое озеро» (хореография А. Горского А. Мессерера, премьера 14 сентября 2009 года) и «Лауренсия» (хореография В. Чабукиани, премьера 5 июня 2010 года); среди его постановочных работ - хореографические миниатюры «Весенние воды» (хореография А. Мессерера), «Океан и жемчужины» (хореография А. Горского), «Полонез и краковяк» (хореография Р. Захарова). Личный вклад Михаила Мессерера имел огромное значение в подготовке вторых гастролей в Лондоне летом 2010 года, которые прошли с большим успехом.
В ближайших планах Михаила Мессерера постановка знаменитого балета «Класс-концерт», который уже заявлен в программе гастролей театра в Нью-Йорке в июне 2012 года. Далее в планах в следующем сезоне восстановить балет «Коппелия» (на основе хореографии А. Горского).